ImageJ-Macro - Batch Merge Channels 1.0



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Das Makro Batch Merge Channels fügt mehrere Bilddateien zu einer neuen Komposit-Bilddatei zusammen. Dabei kann jeder Bilddatei vor dem Zusammenfügen ein Farbkanal zugeordnet werden. Das Makro nutzt hierfür die Built-In-Funktion Merge Channels des Bildverarbeitungsprogramm ImageJ, erweitert dieses aber um die Möglichkeit, eine große Anzahl von Bilddateien im Hintergrund (Batch) zu verarbeiten.

Programm ImageJ
Abbildung 1: ImageJ

ImageJ ist eine plattformunabhängige Open-Source-Software, die von Wayne Rasband, einem ehemaligen Mitabeiter des National Institutes of Health entwickelt wird. Sie wird häufig im wissenschaftlichen Umfeld für die Bildbearbeitung und -analyse von Bilddaten eingesetzt.

Das Makro Batch Merge Channels habe ich in Zusammenarbeit mit meinem Sohn, der zum Entwicklungszeitpunkt am Helmholtz Zentrum für Infektionsforschung seine Bachelorarbeit schrieb, erstellt. Ziel war es, die aufwändige „Handarbeit“ bei der Erstellung einer größeren Anzahl von Komposit-Bilddateien durch eine Batch-Makro abzulösen.

Logo-ImageJ Bei der Fluoreszenzmikroskopie werden u.a. einzelne Bestandteile einer Zelle mit Fluoreszenzmarkern, die auf unterschiedlichen Wellenlängen reagieren, verbunden. Entsprechend der Wellenlänge fluoreszieren dann ausgewählte Zellelemente und können so isoliert von anderen Bestandteilen mit einem Fluoreszenzmikroskop aufgenommen werden. In der darauffolgenden Bildverarbeitung werden die einzelnen Bilddateien mit jeweils einem eigenen Farbkanal versehen und zu einer Komposit-Bilddatei gemischt. Die entstandene Komposit-Bilddatei zeigt nun wieder alle, aber durch die Zuordnung der Farbkanäle eingefärbte Zellbestandteile. Dadurch lassen sich die einzelnen Bestandteile der Zelle visuell exakter unterscheiden.

Start des ImageJ-Makros BatchMergeChannels
Abbildung 2: Mischen von Einzelbildern

Das Makro wird unter der GNU General Public License v2 als Open Source veröffentlicht und ist daher ohne Kosten nutzbar. Für das Makro besteht keinerlei Gewährleistung. Laden sie das Makro herunter und speichern sie es im Verzeichnis macros innerhalb ihrer ImageJ-Installation. Sollte das Verzeichnis nicht existieren, dann legen sie es einfach unter dem Verzeichnis ImageJ.app an. Sie können das Makro dann über das Menue Plugins->Macros->Run aufrufen. Wenn sie das Makro über die Toolbar aufrufen wollen, dann laden sie sich bitte auch die Datei StartupMacros.txt herunter und kopieren sie sie ebenfalls in das Verzeichnis macros von ImageJ. Sichern sie gegebenenfalls eine bereits vorhandene StartupMacros.txt.

Start des ImageJ-Makros BatchMergeChannels
Abbildung 3: Starten des Makros mithilfe der Toolbar